Beasiswa Putra-Putri Papua adalah jalur afirmasi LPDP yang khusus diperuntukkan bagi orang asli Papua yang ingin melanjutkan pendidikan magister atau doktor di dalam maupun luar negeri. Jalur ini lahir dari kebutuhan mempercepat ketersediaan sumber daya manusia terdidik di wilayah Papua, sehingga persyaratannya menekankan pembuktian asal usul melalui garis keturunan dan surat keterangan dari lembaga adat atau pemerintah setempat. Cakupan pendanaannya penuh, meliputi biaya kuliah, tunjangan hidup bulanan, tiket keberangkatan dan kepulangan, asuransi kesehatan, serta dukungan penyelesaian tugas akhir. Sebelum memulai perkuliahan, penerima umumnya mengikuti program pengayaan yang mempersiapkan kemampuan akademik dan bahasa. Tahapan seleksi mengikuti pola umum LPDP berupa pemeriksaan administrasi, tes bakat skolastik, dan wawancara substansi, dengan ambang tertentu yang disesuaikan. Penerima terikat kewajiban kembali dan berkontribusi, khususnya di wilayah asal. Ketentuan rinci dapat berubah antar periode dan perlu dipastikan melalui pedoman resmi terbaru.