Global Korea Scholarship jalur pascasarjana membiayai studi magister dan doktor di universitas Korea Selatan bagi pelamar internasional, termasuk dari Indonesia. Sama seperti jalur sarjana, penerima umumnya menjalani satu tahun kursus bahasa Korea sebelum memulai perkuliahan, kecuali telah memenuhi tingkat kemampuan bahasa yang ditentukan. Pendanaan bersifat penuh dan mencakup biaya kuliah, tunjangan hidup bulanan, tiket keberangkatan dan kepulangan, asuransi kesehatan, serta tunjangan penelitian yang besarannya dibedakan antara bidang ilmu sosial dan bidang sains atau teknik. Pendaftaran ditempuh melalui jalur kedutaan atau jalur universitas, masing-masing dengan kuota, daftar kampus, dan tenggat yang berbeda. Seleksi menilai rekam jejak akademik, rencana studi, surat rekomendasi, dan wawancara. Program ini menarik bagi pelamar yang ingin meneliti di bidang teknologi, bisnis, atau kajian Asia Timur. Batas usia dan ketentuan lain diperbarui pada tiap siklus dan wajib diperiksa pada panduan resmi.