Jalur research student pada beasiswa Monbukagakusho ditujukan bagi lulusan sarjana atau magister yang ingin melanjutkan studi pascasarjana di Jepang. Ciri khas jalur ini adalah status awal sebagai mahasiswa peneliti, yaitu masa persiapan di laboratorium atau program studi tujuan sebelum penerima mengikuti ujian masuk program magister atau doktor. Karena itu rencana penelitian menjadi dokumen paling menentukan, dan pelamar perlu mencari profesor pembimbing di universitas Jepang yang bersedia menerima. Pendaftaran dapat dilakukan melalui kedutaan besar atau melalui rekomendasi universitas, dengan tahapan dan tenggat yang berbeda. Pendanaan bersifat penuh, meliputi biaya kuliah, tunjangan hidup bulanan, tiket keberangkatan dan kepulangan, serta kesempatan mengikuti kursus bahasa Jepang. Seleksi jalur kedutaan mencakup ujian tertulis bahasa dan wawancara. Ketentuan batas usia, jumlah kuota, dan tahapan seleksi dapat berubah setiap tahun sehingga perlu diperiksa pada pengumuman resmi.